20世纪末世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员靠大地给予的红光变身成盖亚奥特曼后投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为对于地球而言人类才是真正的癌细胞他凭着"蓝光"的威力变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼阿古茹奥特曼"作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏盖亚奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场当然他俩的战斗场面也属前所未闻同时二人的对立观点贯穿前半段因此前半段贴近于连续剧