《阿U之神奇萝卜2》的故事延续《阿U之神奇萝卜》，继续围绕聪明机灵、执着、有韧性，信守诺言的阿U和憨厚爱吃的胖仔、刻板教条的男人婆、胆小娇弱的阿美以及宠物狗小白在一个神奇的岛——萝卜岛上发生的奇妙生活展开。

阿优和贪吃的胖仔、刻板教条的男人婆、爱萌物的阿美以及宠物狗小白在一个神奇的岛——萝卜岛上发生的奇妙生活展开。他们向农学博士许下承诺，保护这颗大萝卜的安全生长，而他们的对手是怀着不同理想的三只兔子——渴望成为月兔厨师的兔菲、渴望环游世界的跳跳兔以及渴望吃美味萝卜的甩耳兔，它们并非坏蛋，只是希望得到大萝卜去实现自己的理想。

故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，大家致电博士。博士怀疑巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。